07-plotting

%23%20%2F%2F%2F%20script%0A%23%20requires-python%20%3D%20%22%3E%3D3.14%22%0A%23%20dependencies%20%3D%20%5B%0A%23%20%20%20%20%20%22marimo%22%2C%0A%23%20%5D%0A%23%20%2F%2F%2F%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.24.0%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App()%0A%0Awith%20app.setup%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Plotting%20with%20Python%0A%0A%20%20%20%20In%20this%20workshop%20we%20will%20look%20a%20bit%20more%20into%20%5B%60matplotlib%60%5D(https%3A%2F%2Fmatplotlib.org%2F)%20-%20the%20most%20widely%20used%20library%20for%20creating%20visualisations%20in%20Python.%20It%20has%20long%20history%20and%20hence%20some%20quirks%20with%20it.%20The%20interface%20has%20changed%20quite%20a%20bit%20in%20the%20recent%20years%20to%20make%20it%20more%20%5B_object-oriented_%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FObject-oriented_programming)%20-%20so%20we%20will%20only%20use%20this%20more%20%22modern%22%20approach%20to%20plotting.%20This%20might%20feel%20technical%20as%20you're%20reading%20through%20but%20will%20make%20it%20easier%20for%20your%20to%20understand%20how%20to%20change%20different%20plot%20elements%20in%20the%20future.%0A%0A%20%20%20%20Professional%20looking%20plots%20can%20really%20elevate%20your%20reports%20and%20-%20in%20the%20future%20-%20manuscripts.%20With%20%60matplotlib%60%20you%20need%20to%20put%20a%20little%20bit%20of%20effort%20to%20develop%20your%20style%20but%20then%20it%20pays%20off.%20%20In%20professional%20settings%2C%20a%20plot%20is%20the%20best%20way%20to%20represent%20your%20data%20and%20a%20necessary%20artifact%20of%20research.%0A%0A%20%20%20%20We%20will%20learn%20how%20to%20make%20plots%20that%20are%3A%0A%0A%20%20%20%201.%20**Legibile**%3A%20when%20printed%20and%20on%20screen%0A%20%20%20%202.%20**Reproducible**%3A%20generated%20programmatically%20from%20the%20data%0A%20%20%20%203.%20**Accessible**%3A%20using%20colour-blind-friendly%20palettes%0A%20%20%20%204.%20**Consistent**%3A%20showing%20your%20trademark%20style%0A%20%20%20%205.%20**Standardised**%3A%20following%20chemistry%20conventions%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Basic%20%60matplotlib%60%20structure%0A%0A%20%20%20%20In%20%60matplotlib%60%20we%20build%20up%20the%20elements%20on%20a%20canvas.%20We%20have%20two%20major%20objects%20to%20interact%20with%3A%0A%0A%20%20%20%20-%20**the%20figure**%20(%60fig%60)%3A%20this%20is%20the%20canvas%3B%20it%20controls%20the%20size%2C%20the%20background%2C%20%20final%20export%20etc.%0A%20%20%20%20-%20**the%20axes**%20(%60ax%60)%3A%20this%20is%20the%20actual%20drawing%20area%3B%20you%20can%20have%20many%20axes%20in%20one%20figure%20(think%20of%20subplots)%20and%20it%20controls%20elements%20related%20to%20the%20plot%20itself.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.pyplot%20as%20plt%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%0A%20%20%20%20def%20basic_plot()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Lets%20get%20some%20simple%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rng%20%3D%20np.random.default_rng(seed%3D2025)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%20%3D%20np.linspace(0%2C%2010%2C%2020)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%20%3D%203%20*%20x%20%2B%2015%20%2B%20rng.normal(loc%3D0%2C%20scale%3D2%2C%20size%3Dlen(x))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Initialise%20the%20figure%20and%20the%20axes%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20figsize%3D(width%2C%20height)%20in%20inches%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%20ax%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(6%2C%204))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Draw%20scatter%20plot%20on%20the%20axes%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20In%20black%20with%20circle%20markers%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%2C%20y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D%22black%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3D%22o%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20linestyle%3D%22none%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Points%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Draw%20a%20dashed%20line%20on%20the%20axes%2C%20in%20red%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20The%20above%20is%20equivalent%20to%20shorthand%20notation%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20ax.plot(x%2C%20y%2C%20%22ko%22%2C%20label%3D%22Points%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Could%20use%20data%20from%20scipy.optimize%20here%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%203%20*%20x%20%2B%2015%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Expected%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20linestyle%3D%22--%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D%22red%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20fig%0A%0A%20%20%20%20basic_plot()%0A%20%20%20%20return%20np%2C%20plt%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Adding%20labels%20and%20legends%0A%0A%20%20%20%20This%20already%20looks%20quite%20good.%20But%20a%20plot%20without%20labels%20is%20not%20really%20%22data%22.%20Let's%20look%20at%20how%20we%20can%20annotate%20the%20plot%20further.%0A%0A%20%20%20%20%3E%20**Note**%3A%20in%20chemistry%20we%20often%20forego%20the%20legend%20and%20annotate%20the%20figure%20fully%20in%20the%20caption.%20This%20could%20say%3A%0A%20%20%20%20%3E%0A%20%20%20%20%3E%20**Figure%201.**%20Response%20of%20the%20detector%2C%20showing%20raw%20data%20(red%20dots)%20and%20the%20resulting%20sinusoidal%20fit%20(palatinate%20line).%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(np%2C%20plt)%3A%0A%20%20%20%20def%20labelled_plot()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%20ax%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(6%2C%204))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rng%20%3D%20np.random.default_rng(seed%3D2025)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%20%3D%20np.linspace(0%2C%2010%2C%20100)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%20%3D%20np.sin(x)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y_scatter%20%3D%20np.sin(x)%20%2B%20rng.normal(loc%3D0%2C%20scale%3D0.05%2C%20size%3Dlen(x))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y_scatter%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ro%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20markersize%3D1.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Raw%20data%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%2C%20y%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D%22purple%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20linewidth%3D1.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Oscillation%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_xlabel(%22Time%20%2F%20s%22)%20%20%20%20%20%20%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_ylabel(%22Intensity%20%2F%20a.u.%22)%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_title(%22Detector%20Response%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.legend()%20%23%20Shows%20the%20labels%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20fig%0A%0A%20%20%20%20labelled_plot()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20LaTeX%20in%20labels%0A%0A%20%20%20%20In%20sciences%2C%20we%20often%20have%20complicated%20labels%20in%20our%20plots.%20You%20can%20use%20%5BLaTeX%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FLaTeX)%20for%20formatting%20the%20labels%20in%20%60matplotlib%60.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(np%2C%20plt)%3A%0A%20%20%20%20def%20latex_labels()%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20As%20before%2C%20let's%20plot%20some%20time%20based%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%20ax%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(5%2C%204))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20t%20%3D%20np.linspace(0%2C%205%2C%2020)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y1%20%3D%20np.exp(-t)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y2%20%3D%20np.exp(-0.5%20*%20t)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20THE%20WHITE%20MARKER%20TRICK%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20mfc%3D'white'%20makes%20markers%20hollow-looking%20and%20very%20distinct%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20(mfc%20%3D%20marker%20face%20colour)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20mew%3D1.5%20makes%20them%20look%20sharp%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20(mew%20%3D%20marker%20edge%20width)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20t%2C%20y1%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22o-%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D%22orange%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Catalyst%201%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mfc%3D%22white%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mew%3D1.5%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20t%2C%20y2%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22s-%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D%22blue%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Catalyst%202%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mfc%3D%22white%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mew%3D1.5%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20LaTeX%20for%20math%2Funits%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Not%20that%20we%20need%20to%20use%20%22raw%22%20strings%2C%20as%20LaTeX%20contains%20%22%5C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_xlabel(r%22Time%2C%20%24t%24%20%2F%20min%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_ylabel(r%22Concentration%2C%20%24c%24%20%2F%20mol%24%5Ccdot%24l%24%5E%7B-1%7D%24%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.legend()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20fig%0A%0A%20%20%20%20latex_labels()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Multiple%20subplots%0A%0A%20%20%20%20Often%2C%20you%20need%20to%20compare%20two%20different%20things%20side-by-side%20(e.g.%2C%20a%20Raw%20Spectrum%20vs.%20a%20Calibrated%20Plot).%20We%20can%20tell%20%60plt.subplots%60%20how%20many%20rows%20and%20columns%20we%20want.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(plt)%3A%0A%20%20%20%20def%20multi_panel()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%201%20row%20and%202%20columns%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20'axes'%20is%20now%20a%20list%20containing%20two%20frames%3A%20axes%5B0%5D%20and%20axes%5B1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%20axes%20%3D%20plt.subplots(1%2C%202%2C%20figsize%3D(10%2C%204))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20You%20can%20also%20explicitly%20name%20those%20axes%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20(see%20examples%20in%20the%20final%20workshop)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20fig%2C%20(ax1%2C%20ax2)%20%3D%20plt.subplots(1%2C%202%2C%20figsize%3D(10%2C4))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Left%20Frame%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axes%5B0%5D.set_title(%22Plot%20A%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axes%5B0%5D.plot(%5B1%2C%202%2C%203%5D%2C%20%5B10%2C%2020%2C%2030%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Right%20Frame%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axes%5B1%5D.set_title(%22Plot%20B%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axes%5B1%5D.bar(%5B%22He%22%2C%20%22Ne%22%2C%20%22Ar%22%5D%2C%20%5B4%2C%2020%2C%2040%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20fig%0A%0A%20%20%20%20multi_panel()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20We%20can%20even%20go%20all%20crazy%20with%20%60subplot_mosaic()%60%20-%20less%20common%20in%20chemistry%2C%20but%20belowed%20by%20some%20fields%20like%20bioinformatics.%20It%20takes%20a%20text-based%20map%20describing%20our%20layout.%20As%20it%20gets%20more%20and%20more%20complicated%2C%20you%20might%20be%20better%20off%20aligning%20those%20plots%20in%20a%20separate%20graphics%20editor%20(like%20the%20open-source%20vector%20editor%20%5BInkscape%5D(https%3A%2F%2Finkscape.org%2F)).%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(plt)%3A%0A%20%20%20%20def%20mosaic_layout()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Define%20a%20layout%20where%20'A'%20is%20a%20big%20top%20plot%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20and%20'B'%20and%20'C'%20are%20smaller%20ones%20below.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20layout%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20AAAA%0A%20%20%20%20%20%20%20%20BBCC%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%20axes%20%3D%20plt.subplot_mosaic(layout%2C%20figsize%3D(8%2C%206))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Panel%20labels%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20label%2C%20ax%20in%20axes.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%200%2C%201.1%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Blabel.lower()%7D.%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20transform%3Dax.transAxes%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fontweight%3D'bold'%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20va%3D'top'%2C%20%23%20vertical%20align%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ha%3D'right'%2C%20%23%20horizontal%20align%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fontsize%3D10%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Cleaner%20look%20for%20demo%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_xticks(%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_yticks(%5B%5D)%20%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axes%5B'A'%5D.set_ylabel(%22Spectrum%20%2F%20a.u.%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axes%5B'B'%5D.set_ylabel(%22Kinetics%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axes%5B'C'%5D.set_ylabel(%22Residuals%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20fig%0A%0A%20%20%20%20mosaic_layout()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Developing%20%60matplotlib%60%20style%0A%0A%20%20%20%20It%20is%20important%20to%20stay%20consistent.%20We%20will%20set%20up%20a%20style%20for%20%60matplotlib%60%20that%20you%20can%20just%20copy%20into%20(or%20%60import%60)%20your%20new%20projects.%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Colour-blind%20friendly%20palettes%0A%0A%20%20%20%20Let's%20start%20by%20setting%20up%20a%20couple%20of%20common%20palettes%20optimised%20for%20colour-blindness.%20We%20will%20then%20set%20up%20a%20%22cycler%22%20in%20%60matplotlib%60%20so%20that%20it%20just%20uses%20those%20colours%20without%20you%20having%20to%20define%20colours%20explicitly!%0A%0A%20%20%20%20-%20%5BWong%20palette%5D(https%3A%2F%2Fdavidmathlogic.com%2Fcolorblind%2F%23%2523000000-%2523E69F00-%252356B4E9-%2523009E73-%2523F0E442-%25230072B2-%2523D55E00-%2523CC79A7)%0A%20%20%20%20-%20%5BTol%20palette%5D(https%3A%2F%2Fsronpersonalpages.nl%2F~pault%2F%23sec%3Aqualitative)%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20from%20cycler%20import%20cycler%0A%0A%20%20%20%20def%20palettes()%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20WONG%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23000000%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23E69F00%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%2356B4E9%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23009E73%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23F0E442%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%230072B2%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23D55E00%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23CC79A7%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20TOL_BRIGHT%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%234477AA%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23AA3377%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23228833%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23CCBB44%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%2366CCEE%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23EE6677%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23BBBBBB%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23000000%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20WONG%2C%20TOL_BRIGHT%0A%0A%20%20%20%20return%20cycler%2C%20palettes%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20%60rcParams%60%0A%0A%20%20%20%20You%20can%20specify%20the%20%60matplotlib%60%20parameters%20in%20the%20%22run%20command%20parameters%22%20(%5B%60rcParams%60%5D(https%3A%2F%2Fmatplotlib.org%2Fstable%2Fusers%2Fexplain%2Fcustomizing.html))%20dictionary.%20You%20can%20save%20them%20as%20a%20style%20file%20and%20import%20with%20%60ply.style.use(FILE_PATH)%60.%20Below%20is%20an%20example%20of%20a%20-%20rather%20ugly%20-%20style%20setting%2C%20and%20your%20job%20is%20to%20change%20them%20until%20the%20final%20plot%20can%20be%20deemed%20%22publication%20quality%22.%0A%0A%20%20%20%20The%20following%20cells%20are%20set%20up%20so%20that%20the%20final%20plot%20should%20update%20itself%20when%20you%20execute%20the%20%60get_my_journal_style()%60%20call.%20In%20real%20life%2C%20you%20can%20just%20use%3A%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60python%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.pyplot%20as%20plt%0A%0A%20%20%20%20plt.style.use('.%2Fchemistry.mplstyle')%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20or%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60python%0A%20%20%20%20rcParams_dict%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20YOUR%20SETTINGS%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20plt.rcParams.update(rcParams_dict)%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20to%20globally%20update%20the%20settings%20in%20the%20document.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cycler%2C%20palettes)%3A%0A%20%20%20%20COLOR_PALETTE%20%3D%20palettes()%5B1%5D%0A%0A%20%20%20%20def%20get_my_journal_style()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20style%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20FONT%20SETTINGS%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20sans-serif%20fonts%3B%20stixsans%20is%20a%20modern%20math%20font%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22font.family%22%3A%20%22sans-serif%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22font.sans-serif%22%3A%20%5B%22Arial%22%2C%20%22Helvetica%22%2C%20%22DejaVu%20Sans%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20STIX%20Two%20Text%20is%20decent%20serif%20option%20for%20chemistry%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Making%201%20I%20and%20l%20look%20different!%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22font.serif%22%3A%20%5B%22STIX%20Two%20Text%22%2C%20%22STIXTwoText%22%2C%20%22STIXGeneral%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22mathtext.fontset%22%3A%20%22stixsans%22%2C%20%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Perhaps%20too%20small%3F%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22font.size%22%3A%206%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20FIGURE%20%26%20EXPORT%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%203.25in%20is%20one%20ACS%2FRCS%20column%20width%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20(don't%20change%20that)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22figure.figsize%22%3A%20(3.25%2C%203.25)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20It's%20good%20to%20export%20at%20higher%20DPI%20for%20print%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20(don't%20change%20that)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22figure.dpi%22%3A%20150%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22savefig.dpi%22%3A%20600%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22savefig.transparent%22%3A%20True%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20COLOURS%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.prop_cycle%22%3A%20cycler(color%3DCOLOR_PALETTE)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20THE%20BOX%20%26%20TICKS%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20This%20needs%20heavy%20fixing%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22xtick.direction%22%3A%20%22out%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ytick.direction%22%3A%20%22out%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22xtick.major.size%22%3A%2015%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ytick.major.size%22%3A%2015%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22xtick.major.width%22%3A%205.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ytick.major.width%22%3A%205.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22xtick.major.pad%22%3A%2010.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ytick.major.pad%22%3A%2010.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22xtick.top%22%3A%20False%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ytick.right%22%3A%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.linewidth%22%3A%200.5%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20MARKERS%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22lines.marker%22%3A%20%22*%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22lines.markersize%22%3A%2012%2C%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20LEGEND%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22legend.frameon%22%3A%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22legend.fontsize%22%3A%205%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22legend.handlelength%22%3A%203.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22lines.markerfacecolor%22%3A%20%22%23EECC66%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22lines.markeredgewidth%22%3A%202.5%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20PADDING%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.labelpad%22%3A%20-5%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Don't%20change%20this%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22figure.constrained_layout.use%22%3A%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20style%0A%0A%20%20%20%20return%20COLOR_PALETTE%2C%20get_my_journal_style%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(get_my_journal_style%2C%20np%2C%20plt)%3A%0A%20%20%20%20def%20figure_exercise()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20times%20%3D%20np.linspace(0%2C%2010%2C%2015)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20trials%20%3D%20%5Bnp.exp(-0.4*times)%2C%20np.exp(-0.25*times)%2C%20np.exp(-0.15*times)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20np.exp(-0.3*times)%2C%20np.exp(-0.2*times)%2C%20np.exp(-0.1*times)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20np.exp(-0.5*times)%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20plt.rc_context(rc%3Dget_my_journal_style())%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%20ax%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(5%2C%204))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20data%20in%20enumerate(trials)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(times%2C%20data%2C%20label%3Df%22Trial%20%7Bi%2B1%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_xlabel(r%22Time%2C%20%24t%24%20%2F%20min%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_ylabel(r%22Concentration%2C%20%24c%24%20%2F%20mol%24%5Ccdot%24L%24%5E%7B-1%7D%24%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.legend()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20fig%0A%0A%20%20%20%20figure_exercise()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20A%20potential%20publication-quality%20output%20could%20look%20something%20like%20this%20one.%20You%20probably%20prefer%20a%20sans-serif%20font%2C%20but%20I%20kept%20a%20serif%20font%20here%20to%20demonstrate%20that%20those%20can%20still%20look%20modern%20with%20a%20bit%20more%20of%20a%20%22textbook%20vibe%22.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(COLOR_PALETTE%2C%20cycler)%3A%0A%20%20%20%20def%20fts_matplotlib_style()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20style%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20FONT%20SETTINGS%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20sans-serif%20fonts%3B%20stixsans%20is%20a%20modern%20math%20font%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22font.family%22%3A%20%22serif%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22font.sans-serif%22%3A%20%5B%22Arial%22%2C%20%22Helvetica%22%2C%20%22DejaVu%20Sans%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22font.serif%22%3A%20%5B%22STIX%20Two%20Text%22%2C%20%22STIXTwoText%22%2C%20%22STIXGeneral%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22mathtext.fontset%22%3A%20%22stixsans%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%22mathtext.fontset%22%3A%20%22stixsans%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%22mathtext.default%22%3A%20%22regular%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22font.size%22%3A%2012%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20FIGURE%20%26%20EXPORT%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22figure.figsize%22%3A%20(3.25%2C%203.25)%2C%20%23%207%20for%20double%20column%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22figure.dpi%22%3A%20150%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22savefig.dpi%22%3A%20600%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22savefig.transparent%22%3A%20True%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20COLOURS%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.prop_cycle%22%3A%20cycler(color%3DCOLOR_PALETTE)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20THE%20BOX%20%26%20TICKS%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20This%20needs%20heavy%20fixing%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22xtick.direction%22%3A%20%22in%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ytick.direction%22%3A%20%22in%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22xtick.major.size%22%3A%204%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ytick.major.size%22%3A%204%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22xtick.major.width%22%3A%201.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ytick.major.width%22%3A%201.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22xtick.top%22%3A%20True%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ytick.right%22%3A%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.linewidth%22%3A%201.0%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20MARKERS%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22lines.marker%22%3A%20%22o%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22lines.markersize%22%3A%206%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22lines.markerfacecolor%22%3A%20%22%23FFFFFF%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22lines.markeredgewidth%22%3A%201.5%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20LEGEND%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22legend.frameon%22%3A%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22legend.fontsize%22%3A%209%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22legend.handlelength%22%3A%201.0%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20PADDING%20---%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.labelpad%22%3A%204%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22figure.constrained_layout.use%22%3A%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20style%0A%0A%20%20%20%20return%20(fts_matplotlib_style%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(fts_matplotlib_style%2C%20np%2C%20plt)%3A%0A%20%20%20%20def%20figure_exercise_clean()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20times%20%3D%20np.linspace(0%2C%2010%2C%2015)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20trials%20%3D%20%5Bnp.exp(-0.4*times)%2C%20np.exp(-0.25*times)%2C%20np.exp(-0.15*times)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20np.exp(-0.3*times)%2C%20np.exp(-0.2*times)%2C%20np.exp(-0.1*times)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20np.exp(-0.5*times)%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20plt.rc_context(rc%3Dfts_matplotlib_style())%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%20ax%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(5%2C%204))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20data%20in%20enumerate(trials)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(times%2C%20data%2C%20label%3Df%22Trial%20%7Bi%2B1%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_xlabel(r%22Time%2C%20%24t%24%20%2F%20min%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_ylabel(r%22Concentration%2C%20%24c%24%20%2F%20mol%24%5Ccdot%24L%24%5E%7B-1%7D%24%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.legend()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20fig%0A%0A%20%20%20%20figure_exercise_clean()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Further%20plotting%20resources%0A%0A%20%20%20%20%3E%20There%20is%20no%20point%20trying%20to%20learn%20%60matplotlib%60%20by%20heart%3B%20use%20available%20online%20resources%20and%20browse%20their%20%5BExamples%20gallery%5D(https%3A%2F%2Fmatplotlib.org%2Fstable%2Fgallery%2Findex.html)%20to%20achieve%20the%20effects%20you%20want!%0A%0A%20%20%20%20Once%20you%20progress%20in%20your%20career%20to%20look%20at%20hundreds%20and%20thousands%20of%20data%20points%2C%20you%20might%20want%20to%20look%20into%20other%20libraries%20that%20are%20useful%20for%20visualisation%20and%20statistical%20analysis.%20In%20particular%2C%20watch%20out%20for%3A%0A%0A%20%20%20%20-%20%5B%60pandas%60%5D(https%3A%2F%2Fpandas.pydata.org%2F)%3A%20introduces%20dataframes%20that%20are%20useful%20for%20data%20wrangling%0A%20%20%20%20-%20%5B%60plotly.express%60%5D(https%3A%2F%2Fplotly.com%2Fpython%2Fplotly-express%2F)%3A%20great%20tool%20for%20interactive%20plots%0A%20%20%20%20-%20%5B%60seaborn%60%5D(https%3A%2F%2Fseaborn.pydata.org%2F)%3A%20higher-level%20tools%20for%20statistical%20visualisation%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A