05-files

%23%20%2F%2F%2F%20script%0A%23%20requires-python%20%3D%20%22%3E%3D3.14%22%0A%23%20dependencies%20%3D%20%5B%0A%23%20%20%20%20%20%22marimo%22%2C%0A%23%20%5D%0A%23%20%2F%2F%2F%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.24.0%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0Awith%20app.setup%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Working%20with%20files%0A%0A%20%20%20%20Most%20data%20from%20instruments%20will%20already%20come%20as%20some%20type%20of%20files.%20There%20are%20good%20ods%20these%20are%20**comma-separated%20value**%20(CSV)%20files.%20You%20can%20also%20export%20CSV%20files%20from%20Excel%20or%20LibreOffice.%20We%20will%20focus%20on%20CSV%20files%20as%20they%20are%20really%20common%20and%20reasonably%20easy%20to%20read%3A%20each%20line%20of%20the%20text%20file%20is%20a%20different%20row%2C%20and%20each%20item%20in%20a%20row%20is%20separated%20by%20commas.%0A%0A%20%20%20%20Here%20is%20an%20example%20CSV%20file%20containing%20reaction%20optimisation%20trials%3A%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60csv%0A%20%20%20%20Entry%2CSubstrate%2CCatalyst%2CSolvent%2CTemp_C%2CYield_Percent%2Cee_Percent%0A%20%20%20%201%2CCC(%3DO)c1ccccc1%2C3375-31-3%2CDCM%2C25.5%2C82%2C94%0A%20%20%20%202%2CCC(%3DO)c1ccccc1%2C3375-31-3%2CTHF%2C25.2%2C45%2C88%0A%20%20%20%203%2CCC(%3DO)c1ccccc1%2C3375-31-3%2CToluene%2C59.6%2C91%2C92%0A%20%20%20%204%2CCC(%3DO)c1ccccc1%2C14694-95-2%2CDCM%2C24%2C0%2Cnd%0A%20%20%20%205%2CCC(%3DO)c1ccccc1%2C14694-95-2%2CTHF%2C60.2%2C12%2C40%0A%20%20%20%206%2CO%3DCc1ccccc1%2C3375-31-3%2CDCM%2C25.1%2C78%2C91%0A%20%20%20%207%2CO%3DCc1ccccc1%2C3375-31-3%2CMeCN%2C78.5%2C5%2Cnd%0A%20%20%20%208%2CO%3DCc1ccccc1%2C1295-35-8%2CDCM%2C-5.5%2C55%2C98%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20You%20can%20see%20it%20contains%20seven%20columns%3A%0A%0A%20%20%20%201.%20**Entry**%3A%20those%20are%20integer%20identifiers%20of%20the%20reaction.%0A%20%20%20%202.%20**Substrate**%3A%20molecules%20represented%20as%20%5BSMILES%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FSimplified_Molecular_Input_Line_Entry_System)%20strings%20(you%20will%20learn%20about%20those).%0A%20%20%20%203.%20**Catalyst**%3A%20represented%20as%20%5BCAS%20numbers%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FCAS_Registry_Number).%0A%20%20%20%204.%20**Solvent**%3A%20a%20simple%20string%20with%20solvent%20name.%0A%20%20%20%205.%20**Temp_C**%3A%20temperature%20in%20Celsius%20as%20a%20float.%0A%20%20%20%206.%20**Yield_Percent**%3A%20reaction%20yield.%0A%20%20%20%207.%20**ee_Percent**%3A%20enantiomeric%20excess%20as%20an%20integer%20(or%20%22nd%22%20if%20_not%20determined_).%0A%0A%20%20%20%20%3E%20**Note**%3A%20I%20generated%20this%20table%20with%20AI%20so%20it%20makes%20no%20chemical%20sense.%20It%20is%20just%20meant%20to%20have%20different%20data%20types%20to%20demonstrate%20some%20functions.%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20Notebooks%20and%20local%20scripting%0A%0A%20%20%20%20On%20your%20own%20computer%2C%20you%20would%20ideally%20know%20where%20the%20files%20you%20want%20to%20interact%20with%20are.%20As%20those%20workshop%20notebooks%20live%20in%20your%20browser%20memory%2C%20you%20need%20to%20specify%20locations%20exactly%20(or%20drop%20the%20files%20into%20temporary%20cache%20in%20the%20%22Files%22%20tab).%20The%20%60mo.notebook_location()%60%20function%20can%20be%20used%20for%20this%20here%20but%20it%20is%20a%20bit%20funny%20with%20network%20locations.%20So%20we%20will%20save%20files%20directly%20in%20the%20%22current%20working%20directory%22%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Reading%20and%20writing%20files%0A%0A%20%20%20%20In%20the%20programming%20world%20we%20have%20to%20**open**%20and%20**close**%20files%20to%20make%20sure%20everything%20works%20properly.%20In%20Python%2C%20we%20should%20deal%20with%20files%20using%20the%20%60with%60%20environment%20-%20it%20will%20do%20the%20opening%20and%20closing%20operations%20for%20us%20automatically.%20We%20can%20open%20the%20file%20in%20one%20of%20three%20main%20modes%3A%20%22r%22ead%2C%20%22w%22rite%20(replaces%20the%20content)%2C%20and%20%22a%22ppend%20(adds%20to%20the%20content).%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60python%0A%20%20%20%20with%20open(FILE_PATH%2C%20MODE)%20as%20f%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20operations%20(f%20is%20the%20local%20variable%20for%20the%20file)%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Writing%20example%20files%0A%0A%0A%20%20%20%20Let's%20start%20by%20writing%20some%20files%20to%20local%20memory.%20Of%20course%2C%20on%20your%20computer%20you%20would%20probably%20have%20some%20files%20already%20present!%20I%20have%20created%20some%20files%20(content%20in%20the%20hidden%20cell%20below)%20to%20use%20throughout%20this%20workshop.%0A%0A%20%20%20%20%3E%20**Note**%3A%20after%20you%20have%20executed%20the%20cells%20below%2C%20click%20on%20the%20little%20%22refresh%22%20button%20in%20the%20files%20view%20on%20the%20left%20so%20that%20they%20appear%20there%20(and%20you%20can%20preview%20them).%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20csv_data%20%3D%20%22%22%22Entry%2CSubstrate%2CCatalyst%2CSolvent%2CTemp_C%2CYield_Percent%2Cee_Percent%0A%20%20%20%201%2CCC(%3DO)c1ccccc1%2C3375-31-3%2CDCM%2C25.5%2C82%2C94%0A%20%20%20%202%2CCC(%3DO)c1ccccc1%2C3375-31-3%2CTHF%2C25.2%2C45%2C88%0A%20%20%20%203%2CCC(%3DO)c1ccccc1%2C3375-31-3%2CToluene%2C59.6%2C91%2C92%0A%20%20%20%204%2CCC(%3DO)c1ccccc1%2C14694-95-2%2CDCM%2C24%2C0%2Cnd%0A%20%20%20%205%2CCC(%3DO)c1ccccc1%2C14694-95-2%2CTHF%2C60.2%2C12%2C40%0A%20%20%20%206%2CO%3DCc1ccccc1%2C3375-31-3%2CDCM%2C25.1%2C78%2C91%0A%20%20%20%207%2CO%3DCc1ccccc1%2C3375-31-3%2CMeCN%2C78.5%2C5%2Cnd%0A%20%20%20%208%2CO%3DCc1ccccc1%2C1295-35-8%2CDCM%2C-5.5%2C55%2C98%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20json_data%20%3D%20%22%22%22%5B%0A%20%20%20%20%20%20%7B%22Entry%22%3A%201%2C%20%22Substrate%22%3A%20%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%2C%20%22Catalyst%22%3A%20%223375-31-3%22%2C%20%22Solvent%22%3A%20%22DCM%22%2C%20%22Temp_C%22%3A%2025.5%2C%20%22Yield%22%3A%2082%2C%20%22ee%22%3A%2094%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%7B%22Entry%22%3A%202%2C%20%22Substrate%22%3A%20%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%2C%20%22Catalyst%22%3A%20%223375-31-3%22%2C%20%22Solvent%22%3A%20%22THF%22%2C%20%22Temp_C%22%3A%2025.2%2C%20%22Yield%22%3A%2045%2C%20%22ee%22%3A%2088%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%7B%22Entry%22%3A%203%2C%20%22Substrate%22%3A%20%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%2C%20%22Catalyst%22%3A%20%223375-31-3%22%2C%20%22Solvent%22%3A%20%22Toluene%22%2C%20%22Temp_C%22%3A%2059.6%2C%20%22Yield%22%3A%2091%2C%20%22ee%22%3A%2092%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%7B%22Entry%22%3A%204%2C%20%22Substrate%22%3A%20%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%2C%20%22Catalyst%22%3A%20%2214694-95-2%22%2C%20%22Solvent%22%3A%20%22DCM%22%2C%20%22Temp_C%22%3A%2024.0%2C%20%22Yield%22%3A%200%2C%20%22ee%22%3A%20%22nd%22%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%7B%22Entry%22%3A%205%2C%20%22Substrate%22%3A%20%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%2C%20%22Catalyst%22%3A%20%2214694-95-2%22%2C%20%22Solvent%22%3A%20%22THF%22%2C%20%22Temp_C%22%3A%2060.2%2C%20%22Yield%22%3A%2012%2C%20%22ee%22%3A%2040%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%7B%22Entry%22%3A%206%2C%20%22Substrate%22%3A%20%22O%3DCc1ccccc1%22%2C%20%22Catalyst%22%3A%20%223375-31-3%22%2C%20%22Solvent%22%3A%20%22DCM%22%2C%20%22Temp_C%22%3A%2025.1%2C%20%22Yield%22%3A%2078%2C%20%22ee%22%3A%2091%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%7B%22Entry%22%3A%207%2C%20%22Substrate%22%3A%20%22O%3DCc1ccccc1%22%2C%20%22Catalyst%22%3A%20%223375-31-3%22%2C%20%22Solvent%22%3A%20%22MeCN%22%2C%20%22Temp_C%22%3A%2078.5%2C%20%22Yield%22%3A%205%2C%20%22ee%22%3A%20%22nd%22%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%7B%22Entry%22%3A%208%2C%20%22Substrate%22%3A%20%22O%3DCc1ccccc1%22%2C%20%22Catalyst%22%3A%20%221295-35-8%22%2C%20%22Solvent%22%3A%20%22DCM%22%2C%20%22Temp_C%22%3A%20-5.5%2C%20%22Yield%22%3A%2055%2C%20%22ee%22%3A%2098%7D%0A%20%20%20%20%5D%22%22%22%0A%0A%0A%20%20%20%20toml_data%20%3D%20%22%22%22%5B%5Breactions%5D%5D%0A%20%20%20%20Entry%20%3D%201%0A%20%20%20%20Substrate%20%3D%20%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%0A%20%20%20%20Catalyst%20%3D%20%223375-31-3%22%0A%20%20%20%20Solvent%20%3D%20%22DCM%22%0A%20%20%20%20Temp_C%20%3D%2025.5%0A%20%20%20%20Yield%20%3D%2082%0A%20%20%20%20ee%20%3D%2094%0A%0A%20%20%20%20%5B%5Breactions%5D%5D%0A%20%20%20%20Entry%20%3D%202%0A%20%20%20%20Substrate%20%3D%20%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%0A%20%20%20%20Catalyst%20%3D%20%223375-31-3%22%0A%20%20%20%20Solvent%20%3D%20%22THF%22%0A%20%20%20%20Temp_C%20%3D%2025.2%0A%20%20%20%20Yield%20%3D%2045%0A%20%20%20%20ee%20%3D%2088%0A%0A%20%20%20%20%5B%5Breactions%5D%5D%0A%20%20%20%20Entry%20%3D%203%0A%20%20%20%20Substrate%20%3D%20%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%0A%20%20%20%20Catalyst%20%3D%20%223375-31-3%22%0A%20%20%20%20Solvent%20%3D%20%22Toluene%22%0A%20%20%20%20Temp_C%20%3D%2059.6%0A%20%20%20%20Yield%20%3D%2091%0A%20%20%20%20ee%20%3D%2092%0A%0A%20%20%20%20%5B%5Breactions%5D%5D%0A%20%20%20%20Entry%20%3D%204%0A%20%20%20%20Substrate%20%3D%20%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%0A%20%20%20%20Catalyst%20%3D%20%2214694-95-2%22%0A%20%20%20%20Solvent%20%3D%20%22DCM%22%0A%20%20%20%20Temp_C%20%3D%2024.0%0A%20%20%20%20Yield%20%3D%200%0A%20%20%20%20ee%20%3D%20%22nd%22%0A%0A%20%20%20%20%5B%5Breactions%5D%5D%0A%20%20%20%20Entry%20%3D%205%0A%20%20%20%20Substrate%20%3D%20%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%0A%20%20%20%20Catalyst%20%3D%20%2214694-95-2%22%0A%20%20%20%20Solvent%20%3D%20%22THF%22%0A%20%20%20%20Temp_C%20%3D%2060.2%0A%20%20%20%20Yield%20%3D%2012%0A%20%20%20%20ee%20%3D%2040%0A%0A%20%20%20%20%5B%5Breactions%5D%5D%0A%20%20%20%20Entry%20%3D%206%0A%20%20%20%20Substrate%20%3D%20%22O%3DCc1ccccc1%22%0A%20%20%20%20Catalyst%20%3D%20%223375-31-3%22%0A%20%20%20%20Solvent%20%3D%20%22DCM%22%0A%20%20%20%20Temp_C%20%3D%2025.1%0A%20%20%20%20Yield%20%3D%2078%0A%20%20%20%20ee%20%3D%2091%0A%0A%20%20%20%20%5B%5Breactions%5D%5D%0A%20%20%20%20Entry%20%3D%207%0A%20%20%20%20Substrate%20%3D%20%22O%3DCc1ccccc1%22%0A%20%20%20%20Catalyst%20%3D%20%223375-31-3%22%0A%20%20%20%20Solvent%20%3D%20%22MeCN%22%0A%20%20%20%20Temp_C%20%3D%2078.5%0A%20%20%20%20Yield%20%3D%205%0A%20%20%20%20ee%20%3D%20%22nd%22%0A%0A%20%20%20%20%5B%5Breactions%5D%5D%0A%20%20%20%20Entry%20%3D%208%0A%20%20%20%20Substrate%20%3D%20%22O%3DCc1ccccc1%22%0A%20%20%20%20Catalyst%20%3D%20%221295-35-8%22%0A%20%20%20%20Solvent%20%3D%20%22DCM%22%0A%20%20%20%20Temp_C%20%3D%20-5.5%0A%20%20%20%20Yield%20%3D%2055%0A%20%20%20%20ee%20%3D%2098%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20csv_data%2C%20json_data%2C%20toml_data%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(csv_data%2C%20json_data%2C%20toml_data)%3A%0A%20%20%20%20with%20open(%22reaction_screening.csv%22%2C%20%22w%22)%20as%20_file%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_file.write(csv_data)%0A%0A%20%20%20%20with%20open(%22reaction_screening.json%22%2C%20%22w%22)%20as%20_file%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_file.write(json_data)%0A%0A%20%20%20%20with%20open(%22reaction_screening.toml%22%2C%20%22w%22)%20as%20_file%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_file.write(toml_data)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Reading%20files%0A%0A%20%20%20%20You%20might%20remember%20that%20strings%20are%20basically%20sequences%20of%20characters%20-%20in%20Python%20files%20are%20sequences%20of%20lines.%20So%20we%20can%20iterate%20over%20them%20quite%20easily.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20with%20open(%22reaction_screening.csv%22%2C%20%22r%22)%20as%20_file%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20line%20in%20_file%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(line)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20As%20a%20simple%20exercise%2C%20let's%20generate%20a%20set%20(a%20collection%20of%20objects%20without%20repeats)%20of%20our%20substrates%20(_substrate%20scope_)%20and%20a%20list%20of%20enantiomeric%20excesses%20where%20the%20not%20determined%20entries%20are%20replaced%20with%20zeros.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aapp._unparsable_cell(%0A%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20def%20cleanup_screening()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20substrates%20%3D%20set()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ees%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20open(%22reaction_screening.csv%22)%20as%20f%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20line%20in%20f%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%23%20FIXME%3A%20continue%20in%20the%20loop%20if%20%22Entry%22%20is%20in%20the%20current%20line%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20COMPLETE%20HERE%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Identify%20the%20SMILES%20string%20in%20the%20line%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20You%20might%20want%20to%20use%20the%20string.split()%20function%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles%20%3D%20%23%20FIXME%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Add%20the%20SMILES%20to%20a%20set%3A%20set.add()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20substrates.add(smiles)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Identify%20the%20ee%20in%20the%20line%20and%20remove%20whitespaces%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ee%20%3D%20%23%20FIXME%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20ee%20%3D%3D%20%22nd%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ee%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ee%20%3D%20int(ee)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Those%20four%20lines%20can%20be%20simply%20replaced%20with%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20ee%20%3D%20int(ee)%20if%20ee%20!%3D%20%22nd%22%20else%200%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ees.append(ee)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20substrates%2C%20ees%0A%20%20%20%20%22%22%22%2C%0A%20%20%20%20name%3D%22_%22%0A)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(cleanup_screening)%3A%0A%20%20%20%20def%20cleanup_feedback()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cleanup_passed%20%3D%20False%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20substrates%2C%20ees%20%3D%20cleanup_screening()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20substrates_passed%20%3D%20substrates%20%3D%3D%20%7B%22CC(%3DO)c1ccccc1%22%2C%20%22O%3DCc1ccccc1%22%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ees_passed%20%3D%20ees%20%3D%3D%20%5B94%2C%2088%2C%2092%2C%200%2C%2040%2C%2091%2C%200%2C%2098%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cleanup_passed%20%3D%20substrates_passed%20and%20ees_passed%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20cleanup_passed%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.callout(%22%E2%9C%85%20Correct!%22%2C%20kind%3D%22success%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.callout(%22%E2%9D%8C%20Not%20quite.%22%2C%20kind%3D%22danger%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.callout(f%22%E2%9D%8C%20Python%20error%3A%20%7Be%7D%22%2C%20kind%3D%22danger%22)%0A%0A%0A%20%20%20%20cleanup_feedback()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Other%20useful%20formats%3A%20JSON%20and%20TOML%0A%0A%20%20%20%20%5B%60JSON%60%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FJSON)%20and%20%5B%60TOML%60%5D(https%3A%2F%2Ftoml.io%2Fen%2F)%20files%20are%20great%20way%20of%20storing%20data%20in%20a%20more%20structured%20way%20than%20just%20%60CSV%60.%20JSON%20files%20look%20very%20similar%20to%20(potentially%20nested)%20dictionaries%20and%20can%20be%20reasonably%20human-readable.%20There%20even%20exist%20standard%20library%20modules%20for%20dealing%20with%20those%20files%20-%20that's%20how%20common%20they%20are!%20I%20recommend%20using%20the%20standard%20libraries%2C%20as%20they%20will%20also%20figure%20out%20the%20type%20of%20data%20and%20the%20overall%20structures%20(dictionaries%2C%20lists).%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20catalysts_dict%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%223375-31-3%22%3A%20%22Pd(OAc)2%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2214694-95-2%22%3A%20%22Rh(PPh3)3Cl%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%221295-35-8%22%3A%20%22Ni(cod)2%22%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20return%20(catalysts_dict%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20json%0A%0A%20%20%20%20with%20open(%22reaction_screening.json%22%2C%20%22r%22)%20as%20_file%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Loads%20JSON%20file%20-%20as%20lists%20and%20dictionaries%20directly!%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reaction_json%20%3D%20json.load(_file)%0A%0A%20%20%20%20reaction_json%0A%20%20%20%20return%20json%2C%20reaction_json%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20Let's%20see%20how%20easy%20it%20is%20to%20access%20structured%20data%20like%20this%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(reaction_json)%3A%0A%20%20%20%20reaction_json%5B2%5D%5B%22ee%22%5D%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20Or%20maybe%20we%20want%20to%20know%20the%20name%20of%20the%20catalyst%20that%20produced%20the%20highest%20yield%3F%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(catalysts_dict%2C%20reaction_json)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Identify%20the%20maximum%20using%20the%20value%20of%20the%20%22Yield%22%20for%20comparisons%0A%20%20%20%20best_reaction%20%3D%20max(reaction_json%2C%20key%3Dlambda%20x%3A%20x%5B%22Yield%22%5D)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Look%20up%20the%20catalyst%20in%20our%20human-friendly%20dictionary%0A%20%20%20%20print(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Highest-yielding%20catalyst%20was%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Bcatalysts_dict%5Bbest_reaction%5B%22Catalyst%22%5D%5D%7D.%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20We%20can%20load%20data%20from%20TOML%20files%20in%20the%20same%20way.%20The%20only%20difference%20is%20that%20the%20file%20needs%20to%20be%20opened%20in%20the%20%22binary%22%20format%20(%60mode%3D%22rb%22%60).%20There%20is%20no%20functionality%20in%20the%20standard%20library%20to%20write%20TOML%20files%20yet.%20But%20those%20are%20very%20easy%20to%20modify%20by%20hand%2C%20they%20are%20more%20difficult%20to%20%22break%22%20than%20JSON%20files.%0A%0A%20%20%20%20In%20this%20example%2C%20we%20load%20the%20data%20from%20a%20TOML%20file.%20We%20will%20now%20end%20up%20with%20a%20list%20called%20%60reactions%60%2C%20but%20otherwise%20it%20is%20all%20equivalent.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20tomllib%0A%0A%20%20%20%20with%20open(%22reaction_screening.toml%22%2C%20%22rb%22)%20as%20_file%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Loads%20JSON%20file%20-%20as%20lists%20and%20dictionaries%20directly!%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reaction_toml%20%3D%20tomllib.load(_file)%0A%0A%20%20%20%20reaction_toml%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20Finally%2C%20let's%20save%20our%20%60catalysts_dict%60%20to%20a%20JSON%20file%20-%20so%20that%20we%20can%20easily%20use%20it%20in%20the%20future.%20Or%20maybe%20we%20will%20want%20to%20expand%20it%20by%20some%20other%20properties%20related%20to%20each%20catalyst%2C%20apart%20from%20the%20name%20-%20molecular%20weight%20could%20be%20useful%20when%20automating%20calculations%20involving%20masses%20and%20concentrations.%0A%0A%20%20%20%20The%20%60json.dump()%60%20function%20is%20used%20to%20convert%20any%20Python%20object%20(including%20dictionaries%20and%20lists)%20into%20a%20JSON%20string%2C%20and%20then%20save%20it%20to%20a%20file.%20If%20you%20want%20to%20just%20get%20the%20string%2C%20you%20can%20use%20%60json.dumps()%60.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(catalysts_dict%2C%20json)%3A%0A%20%20%20%20with%20open(%22catalysts.json%22%2C%20%22w%22)%20as%20_file%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20json.dump(catalysts_dict%2C%20_file)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Advanced%20topics%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20Modules%20to%20deal%20with%20files%0A%0A%20%20%20%20This%20is%20another%20**more%20advanced%20topic**%20and%20it%20involves%20file%20management.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20%5B%60pathlib%60%20library%5D(https%3A%2F%2Fdocs.python.org%2F3%2Flibrary%2Fpathlib.html)%0A%0A%20%20%20%20It%20is%20an%20extremely%20powerful%20library%20to%20deal%20with%20file%20paths%20in%20an%20%5Bobject-oriented%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FObject-oriented_programming)%20way.%20The%20take%20home%20message%20is%20that%20it%20is%20platform-independent%20and%20allows%20you%20to%20reach%20any%20part%20of%20the%20file%20path%2C%20add%20extra%20paths%2C%20check%20if%20things%20exist%2C%20etc.%0A%0A%20%20%20%20We%20will%20not%20go%20through%20this%20library%20in%20any%20level%20of%20details%2C%20I%20recommend%20reading%20up%20if%20you%20are%20interested.%20But%20here%20are%20some%20examples.%20I%20also%20use%20those%20examples%20in%20the%20later%20parts%20of%20the%20course%2C%20to%20expose%20you%20to%20%22more%20modern%20way%22%20of%20scripting%20in%20Python.%0A%0A%20%20%20%20You%20can%20think%20of%20%60Path%60%20as%20another%20%22type%22%20-%20we%20chemists%20are%20good%20at%20it%2C%20it's%20like%20a%20%22mole%22%2C%20yet%20another%20unit!%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20from%20pathlib%20import%20Path%0A%0A%20%20%20%20%23%20Path%20is%20the%20%22base%22%20object%20of%20the%20library%0A%0A%20%20%20%20print(f%22Current%20working%20directory%20is%3A%20%7BPath.cwd()%7D%22)%0A%20%20%20%20print(f%22Its%20parent%20directory%20is%3A%20%7BPath.cwd().parent%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20We%20can%20create%20new%20paths%20using%20the%20division%20operator%0A%0A%20%20%20%20_file%20%3D%20Path.cwd()%20%2F%20%22example_file.txt%22%0A%20%20%20%20print(f%22Imagine%20file%3A%20%7B_file%7D%22)%0A%20%20%20%20print(f%22The%20filename%20is%3A%20%7B_file.name%7D%22)%0A%20%20%20%20print(f%22It%20also%20has%20a%20stem%20(%7B_file.stem%7D)%20and%20a%20suffix%20(%7B_file.suffix%7D).%22)%0A%20%20%20%20print(f%22So%20we%20can%20create%20a%20new%20file%3A%20%7B_file.with_suffix(%22.doc%22)%7D%22)%0A%20%20%20%20print(f%22But%20does%20it%20exist%3F%20%7B_file.with_suffix(%22.doc%22).exists()%7D%22)%0A%20%20%20%20return%20(Path%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20We%20can%20then%20do%20a%20whole%20range%20of%20standard%20file%20operators%20using%20methods%20such%20as%20%60touch()%60%2C%20%60mkdir()%60%2C%20%60copy()%60%2C%20or%20%60unlink()%60.%20It%20also%20redefines%20the%20%22division%22%20operator%20as%20path%20concatenation%20-%20it%20is%20extremely%20useful%20and%20inserts%20the%20correct%20%60%2F%60%20or%20%60%5C%60%20depending%20on%20the%20operating%20system.%20Remember%20how%20on%20Windows%20paths%20look%20something%20like%20%60C%3A%5CDocuments%5Cfile.txt%60%20and%20on%20Linux%20they%20would%20use%20forward%20slashes%20instead%2C%20e.g.%20%60%2Fhome%2FFilip%2FDocuments%60%20-%20that%20can%20cause%20troubles%20if%20you%20treat%20paths%20like%20strings).%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Path)%3A%0A%20%20%20%20example_dir%20%3D%20Path.cwd()%20%2F%20%22test_directory%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20This%20command%20will%20create%20a%20new%20directory%0A%20%20%20%20%23%20At%20the%20path%20we%20just%20defined%0A%20%20%20%20%23%20It%20will%20do%20nothing%20if%20it%20already%20exists%20(exist_ok)%0A%20%20%20%20%23%20And%20it%20will%20create%20parent%20directories%20if%20needed%0A%0A%20%20%20%20example_dir.mkdir(exist_ok%3DTrue%2C%20parents%3DTrue)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20We%20can%20also%20find%20files%20that%20match%20a%20pattern%20with%20%60glob()%60%20-%20remember%20%60mo.notebook_location()%20%60%20is%20a%20%60Path%60!%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Path)%3A%0A%20%20%20%20for%20json_f%20in%20Path.cwd().glob(%22*.json%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(json_f.name)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20Importantly%2C%20%60pathlib%60%20is%20a%20great%20way%20of%20reading%20and%20writing%20into%20files.%20The%20%60Path.read_text()%60%20and%20%60Path.write-_text()%60%20methods%20do%20all%20the%20file%20opening%20and%20closing%20operations%20-%20making%20the%20code%20much%20cleaner%20and%20without%20all%20those%20%60with%60%20statements%20we%20had%20above.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Path)%3A%0A%20%20%20%20catalysts_json%20%3D%20(Path.cwd()%20%2F%20%22catalysts.json%22).read_text()%0A%20%20%20%20print(catalysts_json)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Path)%3A%0A%20%20%20%20yet_anoter_file%20%3D%20Path.cwd()%20%2F%20%22final_file.txt%22%0A%0A%20%20%20%20yet_anoter_file.write_text(%22The%20quick%20brown%20fox%20jumps%20over%20the%20lazy%20dog.%22)%0A%20%20%20%20yet_anoter_file.read_text()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20Finally%2C%20we%20have%20created%20quite%20a%20lot%20of%20files.%20Lets%20remove%20them%20all.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Path)%3A%0A%20%20%20%20to_delete%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Path.cwd()%20%2F%20%22catalysts.json%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Path.cwd()%20%2F%20%22final_file.txt%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Path.cwd()%20%2F%20%22test_directory%2F%22%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20for%20screen%20in%20Path.cwd().glob(%22reaction_screening.*%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20to_delete.append(screen)%0A%0A%20%20%20%20for%20del_file%20in%20to_delete%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20del_file.is_file()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20del_file.unlink()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20del_file.is_dir()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20del_file.rmdir()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20%5B%60shutil%60%20library%5D(https%3A%2F%2Fdocs.python.org%2F3%2Flibrary%2Fshutil.html)%0A%0A%20%20%20%20If%20you%20need%20more%20advanced%20control%20over%20filesystem%20operations%2C%20then%20the%20%5B%60shutil%60%5D(https%3A%2F%2Fdocs.python.org%2F3%2Flibrary%2Fshutil.html)%20library%20can%20help%20a%20lot.%20We%20won't%20cover%20it%20at%20all%2C%20but%20it%20has%20some%20other%20useful%20functionality%20like%20copying%20metadata%20or%20removing%20entire%20directory%20trees.%20If%20you%20are%20interested%20in%20that%2C%20feel%20free%20to%20read%20the%20documentation.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A